纽约讯——在上周举行的欧洲临床微生物学与感染病学会（ESCMID）年会上，来自全球的研究人员展示了多款新型快速分子检测系统和方法的最新初步数据。报告涵盖了Diasorin、SD Biosensor、Cepheid和Qiagen等公司快速多重感染病原体检测的真实世界数据，以及有望在未来催生成本更低、操作更便捷的检测方法的新型快速化学技术。各商业团队还就正在开发的新检测项目提供了最新进展。Cepheid近期推出的首款高度多重检测产品，标志着其正式进入目前由少数几家头部企业主导的症候群检测领域。Cepheid首席医学官Connie Savor将该公司的GeneXpert新型胃肠道（GI）检测组合称为一种“‘金发姑娘原则’式的恰到好处方案”，该检测有助于临床实验室改善诊断管理水平，更高效地利用资源。这也是Cepheid计划中更高重数检测菜单的首个产品。其PPT显示，菜单最终将涵盖一款血流感染病原体鉴定（BCID）检测。该BCID检测的目标是简化革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌及真菌病原体的鉴定和抗微生物药物耐药性（AMR）检测流程，在物种水平鉴定和AMR标志物检出方面比标准方法更快，以便临床实施恰当治疗。随后，可根据需要，通过测序或表型药敏/耐药检测进一步补充病原体鉴定结果。地方流行病学对于判断传染病病例分子检测阳性结果的可能性至关重要，但检测前概率也可能取决于季节、地区，而对于像意大利耶稣圣婴儿童医院的儿科临床微生物学家Cristina Russo而言，甚至还取决于患者年龄。Russo介绍了一套根据年龄、严重程度评分和基础疾病来指导选择快速或扩展多重PCR检测组合的工作流程，同时也有助于确定患者隔离分组及是否需要补充检测。她提到，在一项对急诊科1924份呼吸道样本的研究中，使用Cepheid仅供研究用的呼吸道检测进行了快速多重检测，共发现1400份阳性样本（注：原文数据可能存在笔误，但遵照原文翻译为1400）。通过分析，团队确认人类偏肺病毒、呼吸道合胞病毒和百日咳鲍特菌在最终住院的患者中更为常见。这些患者的共感染率也显著更高。Russo表示，其所在医疗系统确实会见到部分由多重病原体感染导致的极为严重的病情。她介绍了一例最初在另一家医院治疗的四岁女孩病例，检测最终发现其同时感染了甲型H3N2流感病毒和肺炎链球菌，导致小腿坏死，不得不从膝部进行双腿截肢。但Russo也表示，灵活的组合检测也许有朝一日能更早揭示共感染情况，从而帮助更有效地治疗此类患者。美国实验室公司（LabCorp）常规与特殊微生物学技术总监Gerald Capraro指出，与生物梅里埃的BioFire FilmArray GI检测组合相比，Cepheid的中等重数GI检测拥有"更窄、更利于诊断管理的靶标组合"，但仍与传统粪便培养和酶免疫分析检测水平相当。其实验室用这两种分子检测组合检测了1365份样本，并以实验室自主开发的PCR方法进行裁定，结果发现GeneXpert与金标准结果的一致性最佳。Capraro特别指出，GeneXpert检测的阴性预测值极其出色，或可使实验室能够更早停止追加检测。尽管Savor强调了通过从公司旗下单重至中等重数PCR检测菜单中选择搭配以实现检测定制化的能力，但Cepheid也在通过近期与牛津纳米孔技术公司扩大的测序合作，进一步探索超越PCR的领域。Cepheid科学事务副总裁Mike Loeffelholz在会议间隙接受采访时表示，与ONT的合作标志着公司的新前沿，并有望推动"新一代测序的普及化"。他还重点介绍了公司正在开发的新型PathoSight生物信息学软件，该软件旨在简化拟议测序方案中的数据分析。Loeffelholz称，Cepheid组建了一支内部开发团队来创建这一仅供研究用的流程，旨在让下一代测序"能为大众所用"。公司预期这一工作流程将用于病原体鉴定、疫情暴发调查及其他检测，并在"一两天内提供可指导行动的结果"。尽管如此，他建议，在流感高峰期，Cepheid的四重呼吸道检测可作为首选检测，然后可根据需要，借助未来推出的快速测序产品，进一步对样本进行更高重数的呼吸道检测，以发现罕见感染。在ESCMID上发表报告的研究人员还展示了SD Biosensor的Standard M10系统的初步工作成果。该快速多重检测仪器三年前已在欧洲市场上市，可在不到一小时内完成卡盒式多重检测，并集成了其他分子系统的部分功能。研究人员介绍了欧洲各国在抗菌药物耐药率上的区域差异，尤其关注碳青霉烯耐药问题。例如，佛罗伦萨Careggi大学医院临床微生物学和病毒学主任Gian Rossolini展示的数据表明，使用Standard M10 CarbaR Detector检测进行碳青霉烯耐药肠杆菌（CPE）筛查，识别携带者的阴性预测值为100%，阳性预测值为98%。Rossolini表示，自2020年引入快速CPE筛查后，虽然分子检测成本较高，但减少的抢先接触隔离相关费用压过了前者，该医疗系统每年可节省约1万欧元（11,700美元）。德国Labor Limbach的Ulrich Eigner称，其团队对292份患者样本比较了Standard M10上基于PCR的MRSA检测、Cepheid GeneXpert和金标准培养的方法，发现M10检测的阴性预测值达到99%，有助于排除感染，且仅出现一个无效结果。不过，关于快速分子检测，他表示，"这些仪器不是咖啡机"，循环阈值（Ct）曲线有助于解读数据。这些曲线可帮助实验室估算病原体浓度，进而可能为得出合适诊断提供额外线索。Qiagen传染病业务负责人Nadia Aelbrecht在采访中表示，QiaStat-Dx系统及其更高通量的Rise版本在欧洲拥有四项IVDR检测，在美国则有六项获得美国食品药品监督管理局（FDA）批准的检测。上周，Qiagen推出了一款用于检测革兰氏阳性菌、真菌病原体及抗微生物药物耐药基因的CE-IVDR BCID检测。基于卡盒的QiaStat-Dx系统还具备让实验室查看Ct曲线的附加功能，Aelbrecht认为这能够提供"更深入的洞见"，而公司的QiaSphere流行病学数据库则有助于部署检测前概率最高的检测项目。Diasorin近期在美国上市了Liaison Plex和Nes系统，此次在ESCMID上重点展示了相关初步研究。特别是，约翰·霍普金斯卫生系统的Heba Mostafa展示了支持根据季节、患者年龄和本地疫情使用灵活、可定制分子检测组合的数据。这位JHHS分子病毒学实验室主任对18373例使用新冠、流感、RSV联合检测的患者进行了回顾性分析，其中有1109份样本在72小时内进一步转入了扩展组合检测。她指出，Diasorin的灵活方案本可以使实验室一开始就对更大组合中的所有靶标进行检测，但仅保留完整结果，并先报告较小组合中的靶标结果，这样至少可节省5545分钟的人工操作时间，并节约试剂成本。灵活组合令实验室能定制检测，例如初步仅发布有限范围的结果，再按需扩展。然而，她也补充道，由于实验室无法下检测医嘱，关于如何最好地为临床医生提供决策支持，以便其定制医嘱，讨论仍在持续。Mostafa还展示了最近发表的关于Liaison Plex呼吸道灵活检测（也称RSP Flex）的数据。在一项针对56份样本的研究中，该实验室显示RSP Flex在检测不同腺病毒血清型方面具有与BioFire FilmArray呼吸道2.0组合相当的性能。除已建立的诊断系统外，研究人员还重点展示了几种有朝一日可能实现更快、更便宜检测的新型化学技术。例如，韩国全北大学医学院科学家Jaehyeon Lee展示了一种新型多重荧光检测方法的数据，该方法或有助于未来的多重检测开发。该方法使用名为"热诱导开关探针"（TISP）的温度敏感染料，结合在循环内采集荧光的标准热循环仪，可使单一光学通道用于两个独立靶标，各自生成自己的Ct曲线。Lee展示了一种单管呼吸道病毒检测的初步数据，仅用四个荧光通道即可检测七个靶标，并表示TISP技术目前正由诊断开发商Amplidea进行商业化。此外，Broad研究所Roby Bhattacharyya实验室的博士后David Roach介绍了一种使用CRISPR Cas13a和重组酶聚合酶扩增（RPA）的新型单管多重方法，命名为"通过SHERLOCK实现细菌与AMR检测"（BADLOCK）。团队在近期的一篇预印本中发布了针对多重尿路感染检测的概念验证数据，并使用194份患者血液样本完成了血流感染检测方法的回顾性验证。Roach表示，综合所有检测和样本类型，涉及的2224个独立反应显示该方法的准确率达到97.7%。原型检测成本约为每次12美元，兼容冻干工艺，且可轻松适配当地流行病学特征。Roach指出，选择等温化学技术使其能够在体温下进行扩增，比如将反应管夹在腋下即可。该方法正在申请专利，并已授权给一家未具名的"崭露头角的商业合作伙伴"，一项在秘鲁进行的临床试验即将启动。正如ESCMID前任主席Mauritzio Sanguinetti在一次演讲中所言，如今分子检测已是临床微生物实验室工具箱中至关重要的组成部分。他展示了其所在的意大利罗马A. Gemelli大学实验室近期发表的数据，证实将生物梅里埃BCID组合超说明书用于医院获得性脑膜炎，可将诊断率从39%提升至91%，凸显了对患者护理的巨大价值。不过，诚如耶稣圣婴儿童医院临床微生物学主任、SD Biosensor分会联合主席Carlo Perno所指出的，临床微生物学领域仍处于从经典方法向新方法过渡的变革之中。"这是一段艰难的过渡期，"他说，"我们需要以新思路思考，但考虑到所有新生事物，也需要对其进行不断挑战，才能将其应用于日常实践。"来源：360Dx，IVD从业者网编译
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